Wymiana poczty pomiędzy serwerami pocztowymi i programami pocztowymi jest realizowana dzięki odpowiednim protokołom. Do najczęściej spotykanych wykorzystywanych w poczcie elektronicznej można zaliczyć w zakresie wysyłania wiadomości  - SMTP (Simple Mail Transfer Protocol)  oraz w zastosowaniu do pobierania poczty - POP3 – (Post Office Protocol), jak również posiadający większe możliwości IMAP  (Internet Message Access Protocol).